Charles IX est né à Saint-Germain-en-Laye en 1550. Second fils de Henri II et de Catherine de Médicis, il monte sur le trône en 1560 après la mort de son frère François II ; comme il n'a que dix ans, sa mère exerce la régence du royaume, déchiré par les luttes qui opposent catholiques et protestants. Mais après l'assassinat du duc de Guise, en 1563, un calme très relatif s'établit dans le pays, jusqu'en 1567 et Catherine de Médicis en profite pour tenter de rétablir l'autorité royale ; Charles IX est déclaré officiellement majeur à Rouen en 1563, et il parcourt la France avec sa mère de 1564 à 1567 : Catherine de Médicis attend de ce voyage un renforcement du sentiment monarchique et la reconnaissance de la dynastie par les protestants. Mais ceux-ci, en 1568, à Meaux, tentent d'enlever le roi : les guerres de religion reprennent, car Charles IX et sa mère, désormais convaincus qu'une politique de tolérance est inefficace, ont pris le parti de vaincre les protestants par la force. Pourtant, malgré les victoires remportées par les armées catholiques en 1569, un compromis de paix est signé à Saint-Germain-en-Laye en 1570, ce qui ramène à nouveau un calme relatif.
Mais cette accalmie est de courte durée ; le 23 août 1572, une tentative d'assassinat de l'amiral protestant de Coligny remet le feu aux poudres : les nobles protestants présents à la cour s'indignent violemment, et la famille royale est prise de panique devant cette réaction ; elle appelle aux armes la milice de Paris et le massacre des protestants, connu sous le nom de massacre de la Saint-Barthélemy, commence la nuit même et il semblerait que Charles IX lui-même y ait participé, tirant sur les protestants en fuite depuis une fenêtre de son palais du Louvre. Les tueries se prolongent pendant un mois, gagnant les provinces, provoquant l'effroi et la terreur chez ceux qui en sont les témoins. En 1573, les protestants du midi de la France, demeurés puissants, reprennent les armes et une nouvelle guerre s'engage. En 1574, Charles IX, rongé par la tuberculose, meurt à Vincennes, âgé de vingt-quatre ans à peine, laissant le trône à son frère Henri.